基本的な機能に違いはありませんので、使いやすい方で回答してください。
一般的にはHTML形式の方がセキュリティ等の条件による制約や誤動作の可能性が低いため、どちらの形式でも構わない場合はHTML形式をお試しください。

ただし、事業所・企業照会の事業所照会票の対象で傘下事業所が60以上ある場合は、HTML形式での回答はできません。Excel形式の電子調査票から御回答ください。