基本的な機能に違いはありませんので、使いやすい方で回答してください。
一般的にはHTML形式の方がセキュリティ等の条件による制約や誤動作の可能性が低いため、どちらの形式でも構わない場合はHTML形式をお試しください。
（経済センサス-基礎調査（調査票Ａ）はExcel形式のみ電子調査票を提供しております。）