「拡張子が不正です」のエラーメッセージは、「政府統計オンライン調査システム」へのログイン後の画面において一括送信機能を利用して提出する際に、Excel形式の電子調査票をそのままアップロードした場合に発生していると思われます。
Excel形式の電子調査票の調査票TOPにおいて「回答用ファイル保存（XML形式）」ボタンをクリックし、回答内容をXML形式で出力し保存してください。ボタンをクリックしたらXMLファイルをどこに保存するかを問われるため、任意のフォルダに必ず名前を変更して保存してください。
「政府統計オンライン調査システム」へのログイン後に調査回答ファイルの一括送信画面にて先ほど保存したXMLファイルをアップロードすると回答が送信できます。